Lors de l'été 2006 après le départ de Jean Fernandez, l'Olympique de Marseille était à la recherche d'un entraîneur. Si Albert Emon a finalement été nommé, le président de l'époque, Pape Diouf, avait proposé ce poste à un autre coach, Alain Boghossian.
"En 2006 Pape Diouf souhaitait que je vienne. Mais sans adjoint. 'Tu seras numéro 1', m'affirme-t-il. Je lui ai répondu : 'Je ne viens pas seul, je ne suis pas suicidaire.' J'avais un projet et mon staff en tête. Avoir un adjoint qu'on ne choisit pas est ambigu. Une semaine plus tard, José Anigo me rappelle et insiste. J'ai refusé", a confié Boghossian à France Football.
Ironie du destin, Boghossian était prêt à dire oui à l'OM en décembre 2013 pour succéder à Elie Baup, mais le club phocéen a finalement laissé José Anigo en place.