Avec Michel, l'Olympique de Marseille tient donc le successeur de Marcelo Bielsa. Le technicien espagnol aura la lourde tâche de faire oublier l'Argentin, très apprécié des supporters marseillais. Ancienne légende du Real Madrid en tant que joueur, il a connu un parcours mitigé en tant qu'entraîneur jusqu'à présent.
En 2005-2006, Michel place le Rayo Vallecano à la 5e place de la troisième division espagnole. L'année suivante, il prend les rênes de la Castilla du Real Madrid et termine à une très décevante 19e place en 2e division (!) et ne continuera pas sa mission. En 2009, il rejoint Getafe en fin de saison et sauve le club de la relégation. Il emmène brillamment le club à la 6e place l'année suivante, mais termine 16e en 2011 avec une élimination en phase de poules de l'Europa League.
Il rejoint le FC Séville au cours de la saison 2012-2013 et termine à la 9e place. Moins d'un an après son arrivée, il est licencié le 14 janvier 2013 alors que le club andalou occupe le 12e rang. Il rebondit à l'Olympiakos le 1er février 2013. Avec le club grec, il remporte deux titres de champions (2013 et 2014) et une coupe de Grèce (2013). Il emmène l'Olympiakos en 8es de finale de la Ligue des Champions 2013-2014, mais il sera sorti par Manchester United (victoire 2-0 à l'aller en Grèce, défaite 0-3 au retour). Il est licencié la saison suivante, le 6 janvier 2015, alors que le club n'a pas passé la phase de poules en C1.