Souvent associé aux présumés liens entre l'Olympique de Marseille et le grand banditisme, José Anigo n'a pas été épargné par les critiques ces dernières années. Pour le président de l'OM Vincent Labrune, son directeur sportif n'a cependant aucun contrôle concernant les sommes versées lors des transferts.
"A aucun moment José ne participe aux négociations financières. Il propose des joueurs, initie la discussion. Mais je fixe les grandes masses, le salaire et le prix du transfert puis Philippe Perez boucle la négociation. La réputation du club ne correspond pas du tout à ce qu'il est vraiment. Elle est liée à celle de la ville, évidemment, et au passé de l'OM, qui a conduit son actionnaire devant la justice. Dont acte. Mais des personnages sulfureux à l'OM, c'est de la fiction", a confié le patron olympien à L'Equipe.
Anigo avait notamment été mis sur écoute par la police lors d'une enquête concernant certaines commissions sur plusieurs transferts.