Deux années et demi après son arrivée, Juninho a quitté son poste de directeur sportif de l'Olympique Lyonnais au début de l'année 2022. Un départ difficile à digérer pour l'ancien conseiller du président des Gones Jean-Michel Aulas, Bernard Lacombe.
"Une incompréhension totale. J'ai posé la question, j'ai demandé la raison, mais je n'ai pas eu de réponse. "Juni" ne m'en a jamais parlé, alors qu'on était pourtant proches. Il est parti tout d'un coup, et c'est tellement triste... Je ne pouvais pas imaginer qu'il le fasse, même si je sais que certaines choses l'ont un peu agacé. Il aurait pu être un très bon manager", a soupiré l'ancien buteur lyonnais pour L'Equipe.
Bruno Cheyrou a pris la succession du Brésilien chez les Gones.